全基因組關(guān)聯(lián)分析是對(duì)多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍的遺傳變異多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，獲得基因型，進(jìn)而將基因型與可觀測(cè)的性狀，即表型，進(jìn)行群體水平的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，根據(jù)統(tǒng)計(jì)量或P值篩選出有可能影響該性狀的遺傳變異。

通過全基因組大樣本重測(cè)序?qū)?dòng)植物重要種質(zhì)資源進(jìn)行全基因組的基因型鑒定，并與關(guān)注的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），進(jìn)而找到與關(guān)注表型相關(guān)的SNP位點(diǎn)，定位與性狀相關(guān)基因，為后續(xù)動(dòng)植物的育種提供科學(xué)理論依據(jù)。

分析內(nèi)容

• 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
• 2、與參考 基因組比對(duì)
• 3、全基因組變異檢測(cè)
• 4、遺傳進(jìn)化分析
• 5、連鎖不平衡分析
• 6、全基因組關(guān)聯(lián)分析： a）SNP與性狀關(guān)聯(lián)分析 b）候選基因功能注釋

SLAF-GWAS是應(yīng)用簡(jiǎn)化測(cè)序的方式，以基因組中檢測(cè)到的單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?ploymorphism，SNP)為分子遺傳標(biāo)記，進(jìn)行全基因組水平上的對(duì)照分析或相關(guān)性分析，統(tǒng)計(jì)分析每個(gè)變異與目標(biāo)性狀之間的關(guān)聯(lián)性大小，通過比較發(fā)現(xiàn)影響復(fù)雜性狀的基因變異的一種策略。

分析內(nèi)容

• 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控
• SNP檢測(cè)與注釋
• 遺傳進(jìn)化分析
• 全基因組關(guān)聯(lián)分析：1）SNP與形狀關(guān)聯(lián)分析2）候選基因功能注釋