ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing），基于高通量測序的染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性實驗。在核小體連接致密的地方，轉(zhuǎn)座酶不能進入，而松散的區(qū)域，轉(zhuǎn)座酶能夠進入并切割下暴露的DNA區(qū)域，并同時連接上特異性的接頭，有接頭的DNA片段被分離出來，用于高通量測序。因此，ATAC-seq可以得是全基因度尺度上處于開放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域，并且通過分析染色質(zhì)開放區(qū)域的motif，可以獲得潛在的活躍轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因。

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ATAC-seq主要實驗流程首先是制備細(xì)胞懸液，然后裂解液裂解細(xì)胞獲得細(xì)胞核，進一步使用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切并純化，最后回收DNA片段，對回收片段進行末端修復(fù)、3’端加A、連接測序接頭，片段大小選擇以及PCA擴增等步驟獲得標(biāo)準(zhǔn)的高通量測序文庫，使用Illumina測序平臺進行測序。

原始測序Reads經(jīng)過去接頭和過濾低質(zhì)量，獲得Clean Reads。將Clean Reads與參考基因組序列進行比對，通過Reads在基因組上的比對位置信息，進行Peak calling，并進行motif預(yù)測、轉(zhuǎn)錄因子靶基因挖掘、差異Peak和Motif等分析。