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產(chǎn)品介紹

百創(chuàng)S1000（BMKMANU S1000）是由百邁客生物設(shè)計并研發(fā)而來的基于微孔微珠上Spatial Barcode實現(xiàn)對組織切片mRNA分子捕獲的亞細(xì)胞級空間轉(zhuǎn)錄組芯片。百創(chuàng)S1000可以廣泛應(yīng)用于生物器官發(fā)育、神經(jīng)科學(xué)、免疫感染、脅迫應(yīng)激、生物遺傳進(jìn)化等生命科學(xué)領(lǐng)域的研究。

百創(chuàng)S1000優(yōu)勢

亞細(xì)胞分辨率

哺乳動物體細(xì)胞平均直徑為10μm，百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片分辨率達(dá)到了4.8μm，到達(dá)亞細(xì)胞級別。

多級分辨率調(diào)整

百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片結(jié)果支持從100μm-4.8μm動態(tài)調(diào)整。

保留HE染色

百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片保留原片HE染色，結(jié)合高分辨率的spots聚類，能得到更為精準(zhǔn)的結(jié)果。

捕獲區(qū)域靈活定制

百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片支持1-8個捕獲區(qū)域的靈活訂制。

更好兼容Nanopore三代數(shù)據(jù)

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber?of?Reads	Number?of?Base	Reads?with?Valid?Barcode	Bases?with?Valid?Barcodes	N50	Bases?Mapped?to?Transcriptome?And?with?Valid?Barcode
105,553,898	70,516,281,320	73.85%	73.42%	740	49.55%

二代與三代數(shù)據(jù)的UMI/Gene counts per spot的相關(guān)性還是tSEN/UMAP的降維聚類，都顯示具有非常高的一致性。這充分說明百創(chuàng)S1000-Nanopore全長轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品完全可以獨立進(jìn)行數(shù)據(jù)的拆分與挖掘分析，無需依賴NGS數(shù)據(jù)的校正。

UMI counts per spot

Gene counts per spot

技術(shù)原理

在6.8mm * 6.8mm的捕獲區(qū)域內(nèi)有約220萬個直徑2.5μm的微孔，將布滿oligo（R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN）直徑2.5μm的微球隨機(jī)嵌入到微孔之中，形成陣列，相鄰兩個微珠的中心距離為4.8μm。Spatial barcode 種類有為5600萬種，提供了更為長的sptail barcode長度，約為70bp，這能更好的兼容三代測序，能大幅提高nanopore數(shù)據(jù)的BC識別效率。

技術(shù)流程

百創(chuàng)S1000部分實測數(shù)據(jù)

實例一：大鼠胚胎組織

百創(chuàng)S1000分辨率最高可達(dá)到4.8μm，相比目前主流空間轉(zhuǎn)錄組測序芯片精度提高了近400倍，高分辨率下HE染色組織形態(tài)學(xué)與spots聚類空間分布圖重合度更高，可以更加精準(zhǔn)識別空間基因表達(dá)的異質(zhì)性和組織區(qū)域的特異性。