還在為不知如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫而發(fā)愁嗎？還在為不愿意看繁瑣的英文幫助而不知所措嗎？一篇帖子教你如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫，建議收藏，再也不用愁“書到用時(shí)方恨少”了。
一、創(chuàng)建賬號
如果要上傳GEO數(shù)據(jù)庫，首先要創(chuàng)建NCBI帳號， 網(wǎng)址：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/
登錄成功后，回到GEO的主頁，點(diǎn)擊 ?Submission Guidelines
二、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
GEO數(shù)據(jù)庫支持上傳芯片數(shù)據(jù)、高通量數(shù)據(jù)以及RT-PCR數(shù)據(jù)等，首先選擇需要上傳數(shù)據(jù)的類型，接下來以high-throughput sequence submisssions （高通量測序）為例進(jìn)行詳解。
點(diǎn)擊進(jìn)去如下圖：
可以看見我們上傳數(shù)據(jù)需要準(zhǔn)備三個(gè)文件，分別為：Metadata spreadsheet、Processed data files、Raw data files。下面分別介紹每個(gè)文件如何填寫以及準(zhǔn)備。
?? ? ?? 點(diǎn)擊下方鏈接下載該表格
該表格一共包括7個(gè)部分，以下將分別介紹如何填寫：
???? 基因表達(dá)量文件 ，如果沒有預(yù)測的新基因，文件只需要提供gene ID 和表達(dá)量如下：
如果表達(dá)量文件包含新預(yù)測的基因，還需要補(bǔ)充新基因（已知基因可選填）的Chromosome（染色體號）、Strand（正負(fù)鏈信息）、start（起始位置）、end（終止位置）、length（長度）。
這里需要準(zhǔn)備clean 數(shù)據(jù)的fq文件，通常情況下fq文件很大，因此GEO數(shù)據(jù)庫要求fq文件必須壓縮。
三、數(shù)據(jù)上傳
到這里準(zhǔn)備工作就全部做完了，下面開始上傳數(shù)據(jù)
上傳數(shù)據(jù)有以上兩種途徑，小編比較推薦第一種，利用FileZilla軟件，下載地址點(diǎn)擊圖片的鏈接，打開FileZilla軟件，開始上傳數(shù)據(jù)，主機(jī)(H) 框填寫上圖中host對應(yīng)的內(nèi)容ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，用戶名(U)填寫geo，密碼填寫 33%9uyj_fCh?M16H，端口號可不填，全部填好后，點(diǎn)擊快速連接按鈕
連接成功后，在遠(yuǎn)程站點(diǎn)下的文件名展示中創(chuàng)建自己的文件，在fasp目錄下面創(chuàng)建自己的目錄（當(dāng)然也可以與fasp目錄同級下創(chuàng)建），例如ABC，創(chuàng)建方法為點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，會出現(xiàn)下圖中的創(chuàng)建空文件夾對話框，輸入自己文件夾的命名，之后點(diǎn)擊確認(rèn)，這樣你的文件夾就創(chuàng)建成功了。
最后在本地站點(diǎn)中找到您要上傳的文件，雙擊就可以將文件上傳到您在GEO創(chuàng)建的路徑下了，數(shù)據(jù)上傳一般會比較慢。數(shù)據(jù)全部上傳后，需要給GEO發(fā)郵件，點(diǎn)擊下方的鏈接。
郵件內(nèi)容可以參考下方：
We had finished the raw data uploading .Please check according to the following? information :
GEO account username:? GEO帳號
Names of the directory and files deposited: ABC（存放數(shù)據(jù)的路徑）
Public release date :數(shù)據(jù)釋放日期
Our raw files were named as follows:
XXX.fq.gz
Our Processed data files were named as follows:
XXX.txt
and Metadata spreadsheet were named as follows: Metadata_spreadsheet.xlsThank you again for your time!
京公網(wǎng)安備 11011302003368號