微生物產(chǎn)生的次級(jí)代謝產(chǎn)物具有多種多樣的化學(xué)結(jié)構(gòu)和生物活性，有很高的藥用以及商業(yè)價(jià)值，闡明微生物次級(jí)代謝產(chǎn)物的生物合成途徑是研究其功能作用的必要前提，隨著基因組測(cè)序研究的深入，可以對(duì)次級(jí)代謝產(chǎn)物研究更加詳細(xì)，關(guān)于微生物次級(jí)代謝分析有很多分析工具，anti-SMASH是分析結(jié)果比較全面的。

那么怎么對(duì)微生物基因組次級(jí)代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè)呢，以真菌為例講解：

1.次級(jí)代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè)網(wǎng)址：https://fungismash.secondarymetabolites.org ，點(diǎn)擊進(jìn)入界面，可進(jìn)行細(xì)菌、真菌以及植物次級(jí)代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè)；

 

2.點(diǎn)擊真菌基因組，填寫(xiě)郵箱（用于接收預(yù)測(cè)結(jié)果）以及真菌基因組組裝結(jié)果文件（fasta格式）和基因組預(yù)測(cè)結(jié)果文件（gff3格式）；

 

3.其他參數(shù)默認(rèn)，點(diǎn)擊“submit”申請(qǐng)次級(jí)代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè)結(jié)果，大約12h內(nèi)，系統(tǒng)運(yùn)行結(jié)束后，預(yù)留郵件會(huì)收到預(yù)測(cè)結(jié)果；

 

4.進(jìn)入預(yù)留郵箱查看預(yù)測(cè)結(jié)果，打開(kāi)預(yù)測(cè)結(jié)果網(wǎng)址即可查看結(jié)果，包含基因簇序列編號(hào)，次級(jí)代謝產(chǎn)物類型，基因簇所在位置，與已知次級(jí)代謝基因簇的結(jié)果比對(duì)等；

 

5.點(diǎn)擊所關(guān)注的基因簇，可獲該基因簇的詳細(xì)信息，包括基因簇基因組成，核心基因的功能域組成以及與已知基因簇間共線性展示結(jié)果等；

 

6.點(diǎn)擊下載頁(yè)面，進(jìn)行對(duì)應(yīng)結(jié)果數(shù)據(jù)下載；

 

以上是次級(jí)代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè)過(guò)程，除此外還有兩點(diǎn)注意事項(xiàng)；

1、數(shù)據(jù)可只導(dǎo)入基因組組裝結(jié)果，那么該網(wǎng)站會(huì)進(jìn)行基因預(yù)測(cè)，但預(yù)測(cè)的結(jié)果與自己預(yù)測(cè)結(jié)果可能會(huì)有差異；

2、數(shù)據(jù)需在一個(gè)月內(nèi)進(jìn)行下載，過(guò)期之后數(shù)據(jù)會(huì)自動(dòng)被刪除。

 

好了，次級(jí)代謝產(chǎn)物基因簇預(yù)測(cè)就是這樣簡(jiǎn)單

你學(xué)會(huì)了嗎？

小伙伴們，下周不見(jiàn)不散！