百邁客物種數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)將多組學(xué)數(shù)據(jù)高度整合、集成在一起，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的瀏覽、查詢(xún)、再度挖掘的綜合性平臺(tái)。

為了更好的服務(wù)于科研，物種數(shù)據(jù)庫(kù)推出了V2.0版：不但可共享研究成果，而且通過(guò)后臺(tái)管理系統(tǒng)可以完成logo、文字描述、配色、單位等信息的修改，更重要的是可以實(shí)現(xiàn)新增數(shù)據(jù)的一鍵式部署。

更更重要的是，數(shù)據(jù)庫(kù)也可以發(fā)表高分文章哦！

百邁客物種數(shù)據(jù)庫(kù)核心功能介紹

標(biāo)準(zhǔn)版數(shù)據(jù)庫(kù)：http://bio-db-demo.biocloud.net/home

• Browse

標(biāo)準(zhǔn)版Browse模塊中共部署了7個(gè)子模塊進(jìn)行核心數(shù)據(jù)的瀏覽，如Browse中的Annotation模塊，鏈接：http://tomato.biocloud.net/page/browse/Annotation

功能說(shuō)明：

• 選擇物種
• 選擇所關(guān)心的注釋數(shù)據(jù)庫(kù)類(lèi)型（默認(rèn)是All）
• 輸入所關(guān)心的基因ID或者功能注釋關(guān)鍵字

• Search

標(biāo)準(zhǔn)版Search模塊中共部署了5個(gè)子模塊完成數(shù)據(jù)的查詢(xún)、檢索，如Search模塊中的Multicriteria Search，

鏈接：http://bio-db-demo.biocloud.net/page/search/multicriteriaSearch

功能說(shuō)明：

• 選擇待檢索的變異類(lèi)型，SNP ?或者 Indel
• 選擇在哪個(gè)版本的參考基因組中檢索結(jié)果
• 輸入檢索的染色體區(qū)域
• 輸入要檢索的基因ID
• 輸入要檢索的變異ID

注 3、4、5三個(gè)選項(xiàng)只能選擇一個(gè)哦！

• 選擇要在哪個(gè)品種中進(jìn)行檢索
• 具體要檢索的Type類(lèi)型
• 具體要檢索的基因型Genotype

點(diǎn)擊Search后，即可完成特定樣品在特定條件下的變異詳情信息了，結(jié)果中還包括了變異位點(diǎn)上下游20bp、及500bp的序列信息，便于用戶(hù)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)。

• Tools

標(biāo)準(zhǔn)版Tools模塊中共部署了8款工具用于對(duì)庫(kù)中多組學(xué)數(shù)據(jù)的進(jìn)一步深度挖掘：

• 基于局部比對(duì)算法的搜索工具：Blast、Blat
• 基因組瀏覽器：Gbrowse、Jbrowse，用來(lái)展示各種基因信息，比如基因的外顯子內(nèi)含子，比如轉(zhuǎn)座子和重復(fù)序列或者SNP/Indel
• 計(jì)算個(gè)體表型數(shù)據(jù)的工具：TRAIT
• 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖：Gene network
• 引物設(shè)計(jì)軟件：Primer Design
• 基因表達(dá)量熱圖：Expression Visualization

如Tools模塊中的Expression Visualization，

鏈接：http://bio-db-demo.biocloud.net/page/tools/expressionVisualization

功能說(shuō)明：

• 輸入關(guān)心的基因ID，基因ID之前以逗號(hào)分隔
• 選擇特定個(gè)體、特定組織在特定處理?xiàng)l件下的樣品

點(diǎn)擊“Display Expression Heatmap”即可構(gòu)建出表達(dá)量熱圖

• 后臺(tái)管理

通過(guò)管理員賬號(hào)登錄后臺(tái)后，不但可以編輯背景色、輪播圖、各個(gè)模塊的文字描述，而且底層數(shù)據(jù)也可以通過(guò)后臺(tái)進(jìn)行上傳、管理。

再也不需要占用一個(gè)被灰塵落滿(mǎn)的硬盤(pán)存儲(chǔ)科研數(shù)據(jù)了；

再也不需要配備專(zhuān)業(yè)的美工去完成頁(yè)面背景色的修改了；

再也不需要哀求專(zhuān)業(yè)的IT開(kāi)發(fā)工程師、運(yùn)維工程師去完成底層數(shù)據(jù)的更新了（替換、追加隨您便）；

背景色的編輯：

Home頁(yè)內(nèi)容編輯：

我們通過(guò)上面4部分內(nèi)容，對(duì)百邁客物種數(shù)據(jù)庫(kù)的功能做了一個(gè)簡(jiǎn)單的介紹。

如果想了解更多的功能，

如果想了解更多的后臺(tái)管理功能

如果您想為您的科研數(shù)據(jù)部署一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)

請(qǐng)通過(guò)網(wǎng)站查看–http://bio-db-demo.biocloud.net/home

 

成功案例：

蝦數(shù)據(jù)庫(kù)：http://shrimp.biocloud.net

番茄數(shù)據(jù)庫(kù)：http://tomato.biocloud.net