LinkageMapView是一個(gè)用R編寫的免費(fèi)的包，可以繪制遺傳連鎖圖譜和QTL圖譜，我們?cè)谀玫竭z傳圖譜之后，可以通過(guò)此功能來(lái)對(duì)圖譜進(jìn)行可視化，展示的形式也是多種多樣的，還可以在圖片上增加QTL的內(nèi)容，最方便的是可以直接將R/qtl的輸出作為L(zhǎng)inkageMapView的輸入，也可以接收txt和csv格式。

1.下面具體介紹一下包的安裝和使用

安裝的命令：

Install.packages(“LinkageMapView”)

安裝的過(guò)程可能會(huì)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，先檢查一下是不是R版本過(guò)低，升級(jí)一下R版本。

載入的命令：

library(LinkageMapView)


LinkageMapView包中主要有一個(gè)函數(shù)——lmv.linkage.plot，包括的參數(shù)非常多，在說(shuō)明文檔中僅僅是參數(shù)說(shuō)明就用了4頁(yè)，所以我們了解一些常用的即可。

2.下面進(jìn)行實(shí)例介紹

1、最簡(jiǎn)單的圖譜繪制

 

代碼如下：

library(qtl)
data(hyper)
lmv.linkage.plot(mapthis=hyper,outfile=”a.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),main=”genetic?map”)

 

使用qtl包中hyper數(shù)據(jù)，mapthis是lmv.linkage.plot函數(shù)輸入的數(shù)據(jù)集參數(shù)，第一列是連鎖群編號(hào)，第二列是圖距信息，第三列是標(biāo)記名稱，此參數(shù)為必給的參數(shù)，outfile是輸出的pdf圖片名稱，必給的參數(shù)，mapthese用于選擇繪制那些連鎖群，可選參數(shù)，不設(shè)置的話，會(huì)默認(rèn)將所有連鎖群都繪制,main設(shè)置標(biāo)題。

 

2、變更部分標(biāo)記名稱顏色

代碼如下：

flist[[1]]?<-?list(locus?=?c(“D1Mit123″,”D1Mit105″,”D6Mit273″,”D15Mit56″,”D15Mit156”),col=c(“red”))
flist[[2]]?<-?list(locus?=?c(“D4Mit149″,”D4Mit237″,”D6Mit36”),col=c(“blue”))
lmv.linkage.plot(hyper,”b.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),markerformatlist=flist)

 

先創(chuàng)建一個(gè)有兩個(gè)成分的列表，只想展示一個(gè)顏色就用一個(gè)成分的列表。locus給標(biāo)記名稱的向量，col給顏色的向量。Markerformatlist給創(chuàng)建的列表。

 

3、顏色設(shè)置

 

代碼如下：

lmv.linkage.plot(hyper,”c.pdf”,
mapthese=c(1,4,6,15),
pdf.bg=”grey”,col.lgtitle=”green”,
lg.col=”yellow”,lcol=”red”,rcol=”orange”)

 

pdf.bg：pdf背景色
col.lgtitle：連鎖群名稱顏色
lg.col：連鎖群柱子顏色
lcol：遺傳位置label的顏色
Rcol：標(biāo)記名稱label的顏色

 

4、字體、字號(hào)設(shè)置

代碼如下：

lmv.linkage.plot(hyper,”d.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),pdf.bg=”grey”,col.lgtitle=”green”,???????????????pdf.height=8,lg.col=”yellow”,lcol=”red”,rcol=”orange”,?????????????????lfont=1,lcex=1.2,rfont=4,rcex=2,font.lgtitle=3,cex.lgtitle=3)

 

lfont：遺傳位置label的字體設(shè)置，1代表純文本，2代表粗體，3代表斜體，4代表粗斜體
lcex:遺傳位置label的字號(hào)大小設(shè)置
rfont：標(biāo)簽label的字體設(shè)置
rcex：標(biāo)簽label的字號(hào)大小設(shè)置
font.lgtitle：連鎖群編號(hào)字體設(shè)置
cex.lgtitle：連鎖群編號(hào)字號(hào)大小設(shè)置

 

5、部分染色體柱子上色

 

代碼如下：

chr?=?c(1,?4,?6,?15)
s?=?c(82,35,9.8,7.7)
e?=?c(94,47,21.9,13.1)
col?=?c(“pink”,”blue”,”blue”,”green”)
sectcoldf?<-?data.frame(chr,?s,?e,?col,stringsAsFactors?=?FALSE)
lmv.linkage.plot(hyper,”e.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),?????????????sectcoldf=sectcoldf)

 

sectcoldf為連鎖群柱子部分上色參數(shù)，上色信息以data.frame格式儲(chǔ)存，每一行是一個(gè)上色區(qū)域，第一列是連鎖群編號(hào)，第二列是對(duì)應(yīng)連鎖群上色起始，第三列是上色終止，第四列是對(duì)應(yīng)的顏色。

 

6、標(biāo)簽顯示形式設(shè)置

 

 

代碼如下：lmv.linkage.plot(hyper,”f.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),ruler=TRUE,maxnbrcolsfordups?=?1)

 

ruler=TRUE代表用縱坐標(biāo)表示遺傳位置，F(xiàn)ALSE代表以位置label的形式表示遺傳位置，默認(rèn)FALSE。

Maxnbrcolsfordups 表示標(biāo)記label用幾列表示，默認(rèn)3.

 

7、相同標(biāo)記名稱連線

 

 

代碼如下：

data(carrot)
lmv.linkage.plot(mapthis?=?carrot,outfile?=?“g.pdf”)

函數(shù)會(huì)自動(dòng)將連鎖群之間標(biāo)記名一樣的標(biāo)記進(jìn)行連線，autoconnadj=FALSE可以關(guān)閉此功能

 

8、標(biāo)記名稱不同連線

 

 

代碼如下：

fromchr?=?c(1,1,4)
fromlocus?=?c("D1Mit123","D1Mit105","D4Mit53")
tochr?=?c(4,4,6)
tolocus?=?c("D4Mit149","D4Mit108","D6Mit273")
conndf?<-?data.frame(fromchr,fromlocus,tochr,tolocus,stringsAsFactors?=?FALSE)
lmv.linkage.plot(hyper,"h.pdf",mapthese?=?c(1,4,6,15),conndf?=?conndf)需要連線的標(biāo)記對(duì)以data.frame存儲(chǔ)，每行一對(duì)連線，第一列是線一端的起始連鎖群編號(hào)，第二列是起始的標(biāo)記名稱，第三列是線另一端終止連鎖群編號(hào)，第四列是終止的標(biāo)記名稱。9、翻轉(zhuǎn)連鎖群順序

圖一為原始圖

 

 

圖二為翻轉(zhuǎn)圖

代碼如下：

lmv.linkage.plot(hyper,”i.pdf”,mapthese?=?c(1,4),revthese?=?“1”)

 

revthese參數(shù)后面接需要翻轉(zhuǎn)的連鎖群編號(hào)

 

10、密度圖譜繪制

 

 

代碼如下：

data(oat)
lmv.linkage.plot(oat,”j.pdf”,mapthese=c(“Mrg01″,”Mrg02″,”Mrg03″,”Mrg05”),denmap=TRUE)

 

denmap是控制是否畫密度圖的開關(guān)，畫密度圖的同時(shí)不顯示標(biāo)記名稱和遺傳位置信息。

 

11、QTL繪制

 

qtldf?<-?data.frame(
chr?=?character(),
qtl?=?character(),
so?=?numeric(),
si?=?numeric(),
ei?=?numeric(),
eo?=?numeric(),
col?=?character(),
stringsAsFactors?=?FALSE
)
qtldf?<-?rbind(qtldf,
data.frame(
chr?=?“6”,
qtl?=?“Trait1″,
so?=?25,
si?=?40.4,
ei?=?40.4,
eo?=?56.8,
col=”red”
))
lmv.linkage.plot(hyper,”k.pdf”,?mapthese=c(1,4,6,15),qtldf?=?qtldf)

qtldf參數(shù)后接qtl信息，qtl信息存儲(chǔ)在data.frame格式的qtldf里，一行一個(gè)qtl信息，第一列是連鎖群編號(hào)，第二列是qtl名，第三列是qtl外區(qū)間起始，第四列是qtl內(nèi)區(qū)間起始，第五列是qtl內(nèi)區(qū)間終止，第六列是qtl外區(qū)間終止，第七列是顏色。

 

以上是LinkageMapView包常見(jiàn)的幾個(gè)用法，LinkageMapView包可以接收R/qtl的輸出結(jié)果也可以單獨(dú)整理成本文輸入，輸入靈活，并且可以繪制高密度的圖譜，更適用于現(xiàn)在的高通量測(cè)序下構(gòu)建的遺傳圖譜。感興趣的同學(xué)，趕快去試試吧！如果您還有什么疑問(wèn)，也歡迎點(diǎn)擊下方按鈕聯(lián)系我們，我們將免費(fèi)為您設(shè)計(jì)文章思路方案。