受不同物種影響。

LD是不同基因座上等位基因非隨機(jī)組合。但LD隨世代的增加、重組次數(shù)的增加而不斷下降。所以，那些繁殖力強(qiáng)、時(shí)代間隔短的物種（例如，昆蟲），其LD衰減的速度是非常快的；同一物種，不同群體類型，由于其遺傳背景不同，LD衰減速度也存在很大的差異。馴化群體，群體遺傳多樣性下降，位點(diǎn)間的相關(guān)性（連鎖程度）加強(qiáng)。所以，馴化程度越高，選擇強(qiáng)度越大的群體，LD衰減速越慢。同樣，自然選擇、遺傳漂變導(dǎo)致的群體遺傳多樣性下降，也會(huì)減慢LD衰減的速度；染色體在不同位置的LD衰減距離是不同的。通常著絲粒區(qū)更難重組，所以LD衰減更慢，而基因組上那些受選擇的區(qū)域相比普通的區(qū)域，LD衰減速度也是更慢的，因此分析結(jié)果提供了各個(gè)染色體獨(dú)立的LD分析結(jié)果。