（1）定量準(zhǔn)確性： iTRAQ/TMT的定量準(zhǔn)確性和重現(xiàn)性要明顯優(yōu)于Label-free， Label-free的樣本之間不能直接混合，導(dǎo)致定量的結(jié)果受到的影響因素多，因此定量結(jié)果的準(zhǔn)確度較低；

（2）鑒定通量：Label-free通量相對(duì)較高，而iTRAQ/TMT由于標(biāo)記基團(tuán)的影響，鑒定通量較label-free低；

（3）修飾組學(xué)：label-free定量，修飾肽段的富集（即IP）是各組分開進(jìn)行的，很可能造成富集的不平行，最終造成定量不準(zhǔn)確。因此，我們通過(guò)加入內(nèi)標(biāo)肽段來(lái)歸一化以減少富集步驟引入的誤差。而iTRAQ/TMT標(biāo)記的修飾組，修飾肽段的富集是各組標(biāo)記、混合后同時(shí)進(jìn)行的，所以不會(huì)存在富集的不平行。因此，修飾組的定量，iTRAQ/TMT方法的定量準(zhǔn)確性優(yōu)于label-free；

（4）其它：目前泛素化修飾定量組學(xué)只能用label-free來(lái)做。。